Ji, Biao
(2016).
« Analysis of yeast metabolomics by LC-MS » Mémoire.
Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en chimie.
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Résumé
Saccharomyces cerevisiae (levure) est un organisme modèle largement utilisé dans l'étude de la biologie moléculaire et cellulaire. Dans cette étude, des perturbations dans le métabolome et les voies de deux souches de levure de type sauvage ainsi que six souches mutantes furent étudiés. Ces mutants se rapportent à des gènes d'auxotrophies et sont identifiés comme étant URA3, LEU2 et HIS3. Un intérêt particulier est porté à ces gènes puisqu'ils concernent la souche la plus souvent utilisée dans la génomique chimique. Cependant, le profilage global de métabolites fut très difficile au cours des dernières décennies, principalement alimenté par une grande variété de propriétés chimiques et physiques ainsi qu'une gamme dynamique des concentrations. Parmi plusieurs techniques d'analyse les plus couramment utilisées, la chromatographie en phase liquide (LC) couplée à la spectrométrie de masse en tandem à haute résolution (HRMS/MS) est devenue une approche extrêmement puissante et populaire pour surmonter les défis rencontrés dans l'analyse d'échantillons biologiques complexes. Cette approche offre de grands avantages tels que la possibilité d'analyses de routine, la résolution, la précision et la sensibilité. Dans cette étude, une approche non ciblée par LC-MS fut développée afin d'étudier l'effet de l'auxotrophie de l'uracile, de l'histidine et de la leucine. Premièrement, les métabolites intracellulaires furent extraits selon une méthode optimisée par bead-beating à partir du milieu de culture employant trois marqueurs isotopiques nécessaire à la normalisation. Par la suite, le recouvrement du métabolome fut considéré par la comparaison de trois types de colonnes (BetaBasic™ C18, HSS T3 et PFP). Les données brutes furent traités par les logiciels PeakView®, MarkerView™ et MultiQuant™ afin d'en évaluer la détection, l'intégration et la quantification relative de chaque pics détectés en plus de conserver uniquement les candidats statistiquement différent. L'utilisation de METLIN a permis l'identification des métabolites d'intérêt qui furent subséquemment confirmé par des composés standards. Finalement, les voies biologiques furent analysés par les connections reliées aux métabolites identifiés à différent niveaux génétiques.
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MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : levure, souches mutantes, nutriment auxotrophie, la métabolomique non ciblée, bead-beating, LC-HRMS/MS
| Type: |
Mémoire accepté
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| Informations complémentaires: |
Le mémoire a été numérisé tel que transmis par l'auteur. |
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Directeur de thèse: |
Sleno, Lekha |
| Mots-clés ou Sujets: |
Métabolomique / Levure / Saccharomyces cerevisiæ / Métabolites / Chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse |
| Unité d'appartenance: |
Faculté des sciences > Département de chimie |
| Déposé par: |
Service des bibliothèques
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| Date de dépôt: |
21 déc. 2016 16:18 |
| Dernière modification: |
21 déc. 2016 16:18 |
| Adresse URL : |
http://archipel.uqam.ca/id/eprint/9194 |
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