Flux de travaux et leurs applications en bioinformatique

Lord, Étienne (2015). « Flux de travaux et leurs applications en bioinformatique » Thèse. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Doctorat en informatique.

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Résumé

Cette thèse servira de modèle de démonstration de l'utilisation de flux de travaux (workflows) pour la conduite de recherche en bioinformatique et plus particulièrement en phylogénomique. La plupart des études actuelles utilisent des langages de programmation de type scripts pour la réalisation de ces études de grande envergure. Cependant, l'utilisation de cette approche limite la reproductibilité de ces études, en les mettant souvent hors d'atteinte pour les laboratoires n'étant pas spécialisés en bioinformatique. Les flux de travaux consistent en des patrons de tâches pouvant être répétés, permettant ainsi une reproduction des conditions expérimentales pour les expériences in silico. Cette thèse proposera des solutions aux questions suivantes : (1) Quel est le niveau d'abstraction requis pour une plateforme de flux de travaux en bioinformatique? (2) Comment comparer et classifier des flux de travaux? (3) Quelles sont les applications pratiques des flux de travaux en bioinformatique, et particulièrement dans les études des phylogénies? Pour répondre à ces questions, nous présenterons dans cette thèse une nouvelle plate-forme de flux de travaux, Armadillo, adaptée à l'analyse phylogénétique. Deuxièmement, une nouvelle stratégie de comparaison de flux de travaux et de leur classification à l'aide d'algorithmes de type k-means et k-medoids pondérés sera introduite. Un nouveau critère de support de chacun des flux de travaux dans cette classification a aussi été développé. Troisièmement, l'application de flux de travaux phylogénétiques conçus et exécutés à l'aide de la plate-forme Armadillo servira à illustrer l'utilité d'une telle plate-forme pour la recherche en phylogénomique. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Analyse phylogénétique, bioinformatique, classification, critère de support de flux de travaux, flux de travaux, k-means, k-medoids.

Type:	Thèse ou essai doctoral accepté
Informations complémentaires:	La thèse a été numérisée telle que transmise par l'auteur.
Directeur de thèse:	Makarenkov, Vladimir
Mots-clés ou Sujets:	Flux de travail / Plateformes (Informatique) / Bio-informatique / Phylogenèse / Analyse cladistique / Génomique
Unité d'appartenance:	Faculté des sciences > Département d'informatique
Déposé par:	Service des bibliothèques
Date de dépôt:	24 mars 2016 13:54
Dernière modification:	24 mars 2016 13:54
Adresse URL :	http://archipel.uqam.ca/id/eprint/8012

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