Coleman, Émilia Aïsha
(2025).
« Méthodes bio-informatiques pour les analyses de données scRNA-seq pour étudier la maladie d’Hirschsprung » Mémoire.
Montréal (Québec), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en informatique.
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Résumé
Le séquençage de l’ARN de cellule unique a permis de mieux comprendre le transcriptome sur le plan cellulaire. Puisque cette méthode génère beaucoup de données, il y a eu un développement de plusieurs méthodes d’analyses sous forme d’outils. Cependant, ils sont trop spécialisés et ils ne sont pas complètement automatisés. De plus, ils requièrent d’avoir des compétences en programmation afin d’adapter leur code ainsi que leurs paramètres. Enfin, les données produites ne sont pas toujours sauvegardées dans un format qui est compatible entre les outils ainsi que pour l’interprétation des résultats. Afin de résoudre ces problèmes, nous proposons une méthode d’analyse sous une forme de flux de travail. L’objectif de notre méthode est de rendre les analyses plus accessibles pour les biologistes et les bio-informaticiens. Nous avons implémenté plusieurs solutions qui incluent l’automatisation de toutes les étapes d’analyses et de transferts de données entre les outils, de l’utilisation de paramètres, ainsi que la sauvegarde automatique des résultats pertinents. Nous avons testé l’efficacité de notre méthode sur un jeu de données de cellules provenant de tissus intestinaux de souris Holstein, un modèle murin utilisé pour la maladie d’Hirschsprung. Notre flux de travail a permis de détecter et d’isoler les différents types de cellules d’intérêt, telles que des cellules gliales et neuronales. Il a aussi décelé des phénomènes biologiques, tels que l’inflammation, la différenciation, la transdifférenciation, ainsi que la prolifération cellulaire. Le principal avantage de notre flux de travail est que nous avons intégré tous les outils nécessaires afin d’effectuer toutes les étapes essentielles d’analyses. Ces dernières peuvent être exécutées successivement de manière automatisée et reproductible. De plus, nous avons aussi implémenté l’option d’exécuter les outils individuellement, ainsi que des paramètres personnalisables.
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MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : bio-informatique, flux de travail, maladie d’Hirschsprung, outils, séquençage de l’ARN de cellule unique
| Type: |
Mémoire accepté
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| Informations complémentaires: |
Fichier numérique reçu et enrichi en format PDF/A. |
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Directeur de thèse: |
Diallo, Abdoulaye Baniré |
| Mots-clés ou Sujets: |
Bio-informatique / Flux de travaux / Séquençage de l’ARN / Séquençage de cellule unique / Maladie de Hirschsprung |
| Unité d'appartenance: |
Faculté des sciences > Département d'informatique |
| Déposé par: |
Service des bibliothèques
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| Date de dépôt: |
14 oct. 2025 15:15 |
| Dernière modification: |
14 oct. 2025 15:15 |
| Adresse URL : |
http://archipel.uqam.ca/id/eprint/19169 |
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