Zambito, Oriana (2024). « Investigating the metabolome and proteome of colon and fecal samples from healthy mice by LC-MS/MS » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en biochimie.
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Résumé
Les perturbations du microbiome intestinal suscitent un intérêt croissant, car elles peuvent être reliées à plusieurs maladies intestinales et constituer des marqueurs de la santé intestinale globale. Compte tenu de la présence de divers micro-organismes dans le côlon et dans les matières fécales, ces types d’échantillons sont idéaux pour étudier le microbiome intestinal, ce qui les rend d’un grand intérêt à étudier. De plus, les régions proximaux et distaux de ces types d’échantillons peuvent également fournir une compréhension supplémentaire des voies biologiques se produisant dans différentes parties de l’intestin. Dans cette étude, des analyses LC-MS/MS non ciblées ont été effectuées sur des échantillons de selles et de côlon proximaux et distaux provenant de souris saines pour le profilage métabolomique et protéomique. Lors d’une étape d’homogéneisation suivi par la précipitation de protéines, les surnageants résultants ont été utilisés pour l’analyse métabolomique non ciblée et les culots protéiques ont servi pour l’analyse protéomique ascendante quantitative. Les protéines ont été solubilisées et leurs quantités normalisées avant la digestion trypsique et l'extraction en phase solide des peptides résultants. Les analyses métabolomiques et protéomiques ont été effectuées sur une plate-forme quadripôle temps de vol. Pour l'analyse métabolomique, les échantillons ont été injectés sur une colonne à mode mixte à phase inverse d'échange d'ions ainsi que sur une colonne pentafluorophényle avec une séparation optimisée pour l'analyse de métabolites polaires. Les deux colonnes ont fourni des résultats complémentaires, augmentant la couverture des métabolites détectés. Le logiciel Sciex OS a été utilisé pour la recherche de pics non ciblés et leur correspondance spectral à l’aide de base de données pour l'identification de métabolites putatifs. Suivant une analyse statistique, 153 métabolites du côlon et 23 métabolites fécaux ont été filtrés selon leurs différences quantitatives entre les régions proximales et distales du côlon. Pour l’analyse protéomique, les peptides ont été séparés à l’aide d’une colonne C18 en phase inverse. À partir de ces données, 1103 protéines de souris ont été quantifiés dans les échantillons du côlon, dont 158 se sont révélées significativement changeantes entre les régions distales et proximales. Pour les échantillons fécaux, une analyse métaprotéomique a été réalisée pour identifier des espèces bactériennes uniques provenant des différentes régions de l'intestin et pour déterminer qu’il n’y avait pas des différences significatives au niveau de ces espèces dans les différentes régions du côlon. Ce mémoire explique la méthodologie détaillée utilisée, y compris les étapes de traitement des données, ainsi que les résultats élucidés grâce à cette étude. _____________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Intestin, Côlon, Microbiome, Fèces, Métabolomique, Protéomique, LC-MS/MS
| Type: | Mémoire accepté |
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| Informations complémentaires: | Fichier numérique reçu et enrichi en format PDF/A. |
| Directeur de thèse: | Sleno, Lekha |
| Mots-clés ou Sujets: | Intestins / Côlon / Microbiome intestinal / Fèces / Métabolomique / Protéomique / Chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse |
| Unité d'appartenance: | Faculté des sciences > Département de chimie Faculté des sciences > Département des sciences biologiques |
| Déposé par: | Service des bibliothèques |
| Date de dépôt: | 12 juin 2024 10:16 |
| Dernière modification: | 12 juin 2024 10:17 |
| Adresse URL : | http://archipel.uqam.ca/id/eprint/17777 |
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