Functional genomic region and horizontal gene transfer detection using sequence variability clustering : applications to viral and prokaryotic evolution

Badescu, Dunarel (2015). « Functional genomic region and horizontal gene transfer detection using sequence variability clustering : applications to viral and prokaryotic evolution » Thèse. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Doctorat en informatique.

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Résumé

La biologie évolutive est régie par des forces écologiques correspondant à des échelles géographiques et temporelles différentes. L'interrelation hôte-pathogène constitue une des principales forces évolutives, menant à la croissance de la variabilité génétique. Dans cette thèse, nous présentons d'abord un nouveau modèle permettant de retrouver des régions génomiques fonctionnelles en se basant sur la variabilité des séquences ainsi que sur une analyse de regroupement d'espèces faite selon des critères booléens de pathogénicité. Les méthodes et les fonctions de regroupement qui en découlent ont été appliquées à des jeux de données réelles impliquant la carcinogénicité et l'invasivité des espèces. Ces méthodes et fonctions doivent varier dépendamment de la combinaison des mécanismes évolutionnaires (sélection positive et lignée spécifique) de même que des types de regroupement variés (monophylétique et polyphylétique). Nous utilisons l'index de Rand ajusté pour valider les résultats. Par la suite, nous étudions sur une plus grande échelle le phénomène du transfert horizontal de gènes, complet et partiel, chez les procaryotes. Cette analyse détaillée est effectuée sur plusieurs niveaux taxonomiques, génétiques et écologiques pour permettre d'estimer statistiquement l'ampleur de l'acquisition du matériel génétique tout au long de l'histoire évolutive des procaryotes. Finalement, nous décrivons une nouvelle méthode rapide de détection des transferts horizontaux de gènes complets qui est basée sur des fonctions de regroupement, existantes et nouvelles, accompagnée de la procédure de validation utilisant les p-values. _____________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : analyse de regroupement, arbre phylogénétique, bipartition, carcinogénicité, détection de régions fonctionnelles, invasivité, recombinaison, transfert horizontal de gènes, variabilité génétique.

Type: Thèse ou essai doctoral accepté
Informations complémentaires: La thèse a été numérisée telle que transmise par l'auteur.
Directeur de thèse: Makarenkov, Vladimir
Mots-clés ou Sujets: Bio-informatique / Génétique / Évolution / Procaryotes / Virus / Parasites / Génomique fonctionnelle / Réseaux phylogénétiques / Transfert horizontal de gènes / Algorithmes
Unité d'appartenance: Faculté des sciences > Département d'informatique
Déposé par: Service des bibliothèques
Date de dépôt: 09 mars 2022 15:55
Dernière modification: 10 mars 2022 09:51
Adresse URL : http://archipel.uqam.ca/id/eprint/15237

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