Identification et caractérisation des partenaires d'interaction de l'intégrase du VIH-1

Larguet, Fadila (2013). « Identification et caractérisation des partenaires d'interaction de l'intégrase du VIH-1 » Thèse. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Doctorat en biologie.

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Résumé

Le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) est un rétrovirus dont le génome est constitué d'un ARN simple brin qui est transcrit par la transcriptase inverse en ADN double brin. Ce dernier est transporté activement dans le noyau sous forme d'un complexe nucléoprotéique appelé le complexe de préintégration (PIC, preintegration complexe) qui renferme outre les protéines virales, intégrase et transcriptase inverse, des protéines cellulaires. Une fois dans le noyau, l'ADN viral est intégré dans le génome cellulaire sous forme de provirus par l'intégrase. En plus de l'intégration, l'intégrase joue un rôle important dans différentes étapes du cycle de réplication telles que la décapsidation, la transcription inverse et la maturation des particules virales. L'intégrase est suffisante pour catalyser l'intégration in vitro. Cependant, l'intégration in vivo est modulée par des facteurs cellulaires dont plusieurs ont été identifiés par différents groupes, en utilisant des approches expérimentales différentes. Afin d'identifier de nouveaux partenaires cellulaires de l'intégrase, nous avons conçu un système de séparation biotine-streptavidine où un ADN reproduisant une portion du U3-LTR viral et renfermant un site d'attachement de l'intégrase a été utilisé comme appât. Les protéines co-purifiées avec l'intégrase grâce à ce système ont été ensuite identifiées par spectrométrie de masse. Parmi les protéines identifiées, plusieurs sont déjà connues dans la littérature comme partenaires d'interaction de l'intégrase, ce qui valide notre approche. Notre intérêt a porté sur les nouvelles protéines, en particulier les RNA hélicases DDX5/p68 et DDX17/p72 ainsi que l'histone désacétylase 1 (HDAC1) dont nous avons confirmé l'interaction avec l'intégrase par co-immunoprécipitation et par pull-down. L'inhibition de l'expression de DDX5, DDX17 ou HDAC1, par siRNA, ainsi que leur surexpression dans des cellules HeLa-CD4 infectées par le VIH-1 ont révélé un rôle positif pour ces protéines dans la réplication virale. Une analyse détaillée de l'ADN viral intégré et non intégré (ADN total, produits de la transcription inverse, les cercles à 2 LTRs) a montré que DDX17 facilite l'intégration alors que DDX5 et HDAC1 semblent favoriser la transcription inverse durant la phase précoce du cycle viral. Les RNA hélicases DDX5 et DDX17, contrairement à HDAC1, jouent un rôle dans la phase tardive où elles exercent une inhibition sur l'expression des protéines virales, mesurée par un rapporteur luciférase dans les cellules HeLa-CD4 et dans les cellules 293T. Par ailleurs, les RNA hélicases se sont avérées nécessaires à l'infectivité du virus car leur déplétion dans les cellules productrices donne naissance à des virions peu infectieux. L'inhibition de l'expression de HDAC1 dans les cellules productrices s'est traduit par une diminution de l'infectivité des virions dans les cellules T Jurkat mais non dans les cellules HeLa-CD4. Le travail présenté dans cette thèse a permis d'identifier les RNA hélicases DDX5 et DDX17 ainsi que HDAC1 comme nouveaux partenaires d'interaction de l'intégrase et d'établir leur rôle positif dans la réplication virale. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : VIH-1, intégrase, co-facteurs cellulaires, RNA hélicases, DDX5, DDX17, histone désacétylasel (HDAC1)

Type: Thèse ou essai doctoral accepté ()
Informations complémentaires: La thèse a été numérisée telle que transmise par l'auteur
Directeur de thèse: Rassart, Éric
Mots-clés ou Sujets: Cible thérapeutique, Cofacteur (Biochimie), Intégrase, Intégration génétique, Protéine, Réplication (Biologie), VIH-1
Unité d'appartenance: Faculté des sciences > Département des sciences biologiques
Déposé par: Service des bibliothèques
Date de dépôt: 09 sept. 2014 15:02
Dernière modification: 01 nov. 2014 02:28
Adresse URL : http://archipel.uqam.ca/id/eprint/6160

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