Test d'association bivarié pour phénotypes non normaux

St-Pierre, Julien (2018). « Test d'association bivarié pour phénotypes non normaux » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en mathématiques.

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Résumé

Les avancées récentes dans le séquençage nouvelle-génération de l'ADN ont permis d'identifier des millions de variants génétiques rares, jusqu'ici ignorés dans les études d'association génétique. Le but de ce projet est de proposer un nouveau modèle, basé sur les copules, afin de tester l'association entre plusieurs variants rares et/ou communs dans une région génomique et un phénotype bivarié continu. Puisque les copules permettent de modéliser la dépendance entre les traits indépendamment de leurs lois de répartitions marginales, on est en mesure de relaxer l'hypothèse de normalité marginale pour le phénotype bivarié. Afin d'intégrer les variants rares dans l'analyse d'association génétique, on propose un modèle de régression mixte pour lequel l'effet de la région génétique est supposé aléatoire. Ainsi, on teste l'association sur l'ensemble de la région à l'aide d'un test de score sur une composante de variance. Pour obtenir la statistique du test du score, il faut toutefois obtenir une forme explicite pour la vraisemblance du modèle. On propose de résoudre numériquement cette intégrale à l'aide de l'approximation de Laplace de la fonction de vraisemblance conditionnelle sous l'hypothèse nulle. Nous sommes en mesure de démontrer que la distribution théorique de notre statistique de score suit un mélange de lois de Chi-deux sous l'hypothèse nulle. À l'aide de simulations, nous démontrons que l'erreur de type I pour notre test est bien contrôlée pour divers scénarios. Les résultats obtenus démontrent aussi que la puissance de notre test est comparable aux tests d'association génétique MURAT et SKAT. Nous appliquons notre méthode sur les données génétiques réelles de l'étude ALSPAC. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : copules, variants rares, test d'association multivarié, modèle linéaire généralisé mixte.

Type: Mémoire accepté
Informations complémentaires: Le mémoire a été numérisé tel que transmis par l'auteur.
Directeur de thèse: Oualkacha, Karim
Mots-clés ou Sujets: Copules / Variabilité génétique / Phénotypes / Étude d'association génomique / Analyse multivariée / Modèles linéaires généralisés
Unité d'appartenance: Faculté des sciences > Département de mathématiques
Déposé par: Service des bibliothèques
Date de dépôt: 13 août 2018 13:11
Dernière modification: 13 août 2018 13:11
Adresse URL : http://archipel.uqam.ca/id/eprint/11527

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