Lima, Carina (2025). « La proteomique non-ciblée par LC-MS/MS appliquée aux échantillons biologiques complexes et la mise au point d'une méthode ciblée pour la quantification de protéines S100 et annexines » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en biochimie.
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Résumé
La protéomique basée sur la MS s’est avérée être un domaine essentiel à la biochimie moderne. L’étude des protéines à large échelle a permis d’améliorer notre compréhension sur la biologie de ces molécules, ouvrant la voie vers l’identification de nouveaux biomarqueurs et cibles thérapeutiques. Bien que la MS se soit révélée être un outil puissant afin d’étudier les protéines, leurs analyses reste extrêmement difficile sans l’utilisation de méthodes adaptées. Dans ce mémoire, nous avons exploré, à travers trois projets, différents concepts liés au développement de méthodes pour les études en protéomique ascendante par LC-MS/MS. Le chapitre 2, s’intéresse à l’élaboration d’une approche permettant l’analyse non ciblée des protéines biotinylées par LC-HRMS/MS dans un contexte d’étude interactomique BioID de la protéine RNF13. Deux approches d’enrichissement sur résine streptavidine ont été comparées : au niveau des protéines biotinylées et l’autre à partir des peptides. L’approche protéique, combinée aux analyses DDA et DIA-SWATH, s’est avérée être très efficace permettant d’identifier la modification et d’établir le niveau d’enrichissement des protéines. L’analyse de l’interactome de RNF13 a permis d’identifier plus d’une centaine d’interacteurs potentiels. Dans le chapitre 3, l’objectif était de développer une méthode LC-MRM ciblée pour la quantification de 17 protéines S100 et 10 annexines dans des larmes humaines. Une analyse initiale de protéines standards par une approche LC-HRMS/MS non ciblée a permis la sélection de peptides tryptiques uniques à optimiser par LC-MRM. La méthode développée a été appliquée afin d’analyser différents échantillons de larmes de patients, certains souffrant d’une maladie hépatique. Plusieurs de ces protéines se sont révélées fortement altérées chez ce groupe de patients. Pour le chapitre 4, l’objectif était de tester différentes méthodes de préparation d’échantillons pour la protéomique plasmatique non ciblée. Nous avons comparé cinq approches: l’enrichissement des vésicules à partir de billes magnétiques SAX, une déplétion des protéines abondantes à l’acide perchlorique, une méthode de solubilisation des protéines plasmatiques suivie de leur précipitation à l’acétone, avec ou sans déplétion des IgG, et une extraction commerciale sur plaque filtrante. Les différentes méthodes ont fourni des résultats complémentaires, permettant d’augmenter le recouvrement de certaines protéines. _____________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Protéomique ascendante, LC-MS/MS, analyses ciblées et non-ciblées, interactomique, BioID, RNF13, protéomique plasmatique, larmes, annexines, S100
| Type: | Mémoire accepté |
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| Informations complémentaires: | Fichier numérique reçu et enrichi en format PDF/A. |
| Directeur de thèse: | Sleno, Lekha |
| Mots-clés ou Sujets: | Protéomique / Chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem / Protéine RNF13 / Larmes / Annexines / Protéines S-100 |
| Unité d'appartenance: | Faculté des sciences > Département de chimie Faculté des sciences > Département des sciences biologiques |
| Déposé par: | Service des bibliothèques |
| Date de dépôt: | 12 mai 2025 14:18 |
| Dernière modification: | 12 mai 2025 14:18 |
| Adresse URL : | http://archipel.uqam.ca/id/eprint/18770 |
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