Un nouveau logiciel pour l'analyse de similarité entre les séquences génétiques et son application à des données évolutives de SARS-CoV-2

Samson, Stéphane (2021). « Un nouveau logiciel pour l'analyse de similarité entre les séquences génétiques et son application à des données évolutives de SARS-CoV-2 » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en informatique.

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Résumé

La pandémie de SARS-CoV-2 fait partie des maladies infectieuses les plus dangereuses qui soient apparues au cours du dernier siècle. Il a été hypothétisé par le passé que les souches de coronavirus ayant mené aux épidémies de SRAS aient passées des chauves-souris à l’homme par l’entremise d’hôtes intermédiaires tels les civettes (SARS-CoV) et les chameaux (MERS-CoV). Plusieurs études ayant été publiés depuis l’apparition de ce nouveau coronavirus suggèrent que son génome présente des similarités élevées avec les CoV de certaines chauves-souris pour la majorité de ses gènes et, à certaines souches de CoV de pangolins malais pour le domaine receptor binding (RB) de la protéine S (spike protein). Afin d’étudier plus profondément l’origine évolutive du gène S et du domaine RB de SARS-CoV-2, un nouveau logiciel, SimPlot++, inspiré du logiciel original SimPlot de Stuart C. Ray, a été développé. En plus des méthodes d’analyses offertes par SimPlot, ce nouveau logiciel a permis d’effectuer des analyses statistiques de détection d’évènements de recombinaisons, ainsi que par réseaux de similarités de séquences. Une reconstruction phylogénétique avec une composante temporelle par Beast2 a aussi été produite pour le domaine RB. Les résultats obtenus concordent avec la littérature quant à la présence d’une région possiblement recombinée entre SARS-CoV-2 et le CoV de pangolins de Guangdong. Les arbres phylogénétiques générés suggèrent que cet évènement de recombinaison au niveau du domaine RB se serait produit au début de l’an 2018. Ces arbres suggèrent également que les premiers variants de SARS-CoV-2 seraient apparus entre novembre et décembre 2019. _____________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Recombinaison, Transferts horizontaux de gènes, SARS-CoV-2, SimPlot++, Origine évolutive

Type:	Mémoire accepté
Informations complémentaires:	Fichier numérique reçu et enrichi en format PDF/A.
Directeur de thèse:	Makarenkov, Vladimir
Mots-clés ou Sujets:	SimPlot++ (Logiciel) / Génétique / Développement de logiciels / Recombinaison génétique / Transfert horizontal de gènes / Évolution du SRAS-CoV-2
Unité d'appartenance:	Faculté des sciences > Département d'informatique
Déposé par:	Service des bibliothèques
Date de dépôt:	29 oct. 2024 08:01
Dernière modification:	29 oct. 2024 08:01
Adresse URL :	http://archipel.uqam.ca/id/eprint/18144

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