Une approche distribuée de prédiction et d'analyses de microARNs : cas d'application du blé

Wu, Chao Jung (2018). « Une approche distribuée de prédiction et d'analyses de microARNs : cas d'application du blé » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en informatique.

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Résumé

L’organisation du génome du blé permet à des variétés de tolérer le froid durant l’hiver canadian. L’inhibition de la transcription par les microARNs (miARNs) est l’un des mécanismes de régulation les plus importants à la tolérance environnementale chez les plantes. Cependant, le groupe de miARNs du blé sensibles au froid et la manière dont ils coordonnent la tolérance par diverses voies biologiques pour divers besoins cellulaires et organismiques sont encore mal compris. L’une des raisons est l’absence d’outils bioinformatiques adéquats pour identifier les miARNs dans les donnés massives de séquençage. Dans ce travail, un pipeline efficace de prédiction de miARN, mirLibSpark, a été mis en oeuvre pour effectuer une analyse plus rapide des librairies de petites ARNs en augmentant la précision de leur classification fonctionelle. Nous avons appliqué ce pipeline sur des données expérimentales issues du blé dans des conditions de stress provenant des champs. Nous avons découvert 134 miARNs parmi les souches du blé et les conditions dans le champ. Différents sous-ensembles de ces miARNs sont responsables de la tolérance dans plusieurs contextes génétiques. Les transcriptomes du blé ont été annotés avec les voies régulatrices KEGG. Pour reconnaître les molécules, une analyse de l’enrichissement fonctionnel des miARNs a montré que les voies régulatrices de transcription, de structure, de métabolisme et les systèmes organismiques peuvent être associés à la tolérance au froid. Les méthodes développées faciliteront les analyses massives des microARNs de blé. En plus, les résultats obtenus pour le pilote sont des ajouts dans la compréhension des mécanismes des miARNs.

Type:	Mémoire accepté
Informations complémentaires:	Fichier numérique reçu et enrichi en format PDF/A.
Directeur de thèse:	Diallo, Abdoulaye Baniré
Mots-clés ou Sujets:	Bio-informatique / Séquençage à haut débit / Expression génique / MicroARN / Résistance au gel / Blé
Unité d'appartenance:	Faculté des sciences > Département d'informatique
Déposé par:	Service des bibliothèques
Date de dépôt:	22 oct. 2024 14:05
Dernière modification:	22 oct. 2024 14:05
Adresse URL :	http://archipel.uqam.ca/id/eprint/18125

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