Tests d'association basés sur les copules pour un phénotype binaire et un ensemble de variants génétiques en présence de données familiales

Dossa, Houssou Roland Giustti (2024). « Tests d'association basés sur les copules pour un phénotype binaire et un ensemble de variants génétiques en présence de données familiales » Thèse. Montréal (Québec), Université du Québec à Montréal, Doctorat en mathématiques.

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Résumé

De nos jours, la recherche en statistique génétique des maladies humaines complexes s’intéresse de près aux analyses d’association à l’échelle du génome, communément appelées GWAS (Genome-Wide Association Study). Les progrès récents ont permis aux chercheurs de générer un flux de données liées au génome, examinant ainsi la transmission des maladies héréditaires complexes chez l’homme. Les regards sont dorénavant tournés vers les nouvelles stratégies de développement des méthodes permettant de mieux caractériser et modéliser ces données, vu la richesse et la disponibilité de celles-ci. Cependant, il existe certaines complexités. Celles-ci sont liées aux limites des méthodes statistique flexibles et appropriées, nécessaires pour évaluer l’association entre un trait quantitatif/qualitatif et un ensemble de variants génétiques. L’influence des variants génétiques rares a été longtemps ignorée par les méthodes existantes. Toutefois, l’arrivée des technologies de génotypage avancées dans les études d’association GWAS a rendu possible l’analyse de plusieurs variants génétiques rares avec des fréquences alléliques < 5%. En génétique humaine, les GWAS sont souvent menées à l’aide de traits binaires. Aussi, les données familiales suscitent un intérêt croissant pour la génétique car elles ont l’avantage d’enrichir les ensembles de données pour les variants rares. Tout au long de cette thèse, notre étude s’est focalisée sur deux principales contributions. Tout d’abord, nous proposons un test d’association flexible qui modélise la distribution conjointe du trait binaire au sein de chaque famille sur la base d’un modèle logistique marginal en intégrant des copules pour modéliser la dépendance entre les membres de la même famille. Dans la deuxième contribution, nous procédons à la modélisation de la distribution conjointe du trait binaire au niveau de chaque famille sur la base d’un modèle fonctionnel marginal en utilisant toujours des copules pour capturer la dépendance intrafamiliale. L’idée ici vient du fait que nous considérons les génotypes des individus de la même famille comme étant la réalisation d’un processus stochastique qui varie le long du chromosome. Les méthodes proposées sont implémentées et illustrées par un exemple numérique à travers un progiciel R, NRVATGFLMM.

Type:	Thèse ou essai doctoral accepté
Directeur de thèse:	Oualkacha, Karim
Mots-clés ou Sujets:	Études d'associations génétiques / Familles / Variabilité génétique / Phénotypes / Copules / Génétique statistique
Unité d'appartenance:	Faculté des sciences > Département de mathématiques
Déposé par:	Service des bibliothèques
Date de dépôt:	17 avr. 2024 08:29
Dernière modification:	17 avr. 2024 08:29
Adresse URL :	http://archipel.uqam.ca/id/eprint/17622

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