Une étude de l’évolution du SARS-CoV-2 à l’aide des méthodes bioinformatiques

Khelil, Yasmine (2023). « Une étude de l’évolution du SARS-CoV-2 à l’aide des méthodes bioinformatiques » Mémoire. Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Maîtrise en informatique.

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Résumé

Notre étude présente les résultats clés d’une investigation visant à examiner l’origine et l’évolution du SARS-Cov-2, en utilisant des analyses phylogénétiques et des comparaisons de séquences génomiques. L’objectif principal de cette recherche était de retracer l’histoire évolutive du SARS-Cov-2 en analysant les modifications génétiques observées dans différentes séquences génomiques. Une recherche bibliographique approfondie a été réalisée pour examiner les connaissances existantes sur l’origine et l’évolution du SARS-Cov-2, l’ADN et l’alignement des séquences, la phylogénie, le transfert horizontal de gènes, la recombinaison génétique, ainsi que l’impact du temps sur l’évolution de SARS-Cov-2. Les étapes expérimentales ont inclus une analyse des différentes espèces en utilisant des outils bioinformatique tels que MEGA, T-REX et SimPlot++. Les résultats ont révélé des similitudes élevées entre le génome complet du SARS-CoV-2 et les gènes de coronavirus humain trouvés chez les chauves-souris et les pangolins, soutenant l’hypothèse d’une origine chez les chauves-souris et d’une transmission aux humains par un hôte intermédiaire. Des événements de recombinaisons avec d’autres souches virales ont également été identifiés, suggérant leur rôle dans l’émergence du SARS-CoV-2. En général, nos résultats sont en accord avec ceux de Makarenkov et al. 2021, sauf les transferts horizontaux complets et partiels, trouvés pour le gène E, renforçant ainsi la crédibilité de cette étude. En conclusion, cette étude offre de nouvelles perspectives sur l’origine du SARS-CoV-2 et met en évidence l’importance des analyses phylogénétiques et des comparaisons de séquences génomiques dans la compréhension de son évolution. _____________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : SARS-CoV-2, origine, évolution, analyses phylogénétiques, comparaisons de séquences.

Type:	Mémoire accepté
Informations complémentaires:	Fichier numérique reçu et enrichi en format PDF/A.
Directeur de thèse:	Makarenkov, Vladimir
Mots-clés ou Sujets:	SRAS-CoV-2 / Origines / Évolution / Arbres phylogénétiques / Alignement de séquences / Bio-informatique
Unité d'appartenance:	Faculté des sciences > Département d'informatique
Déposé par:	Service des bibliothèques
Date de dépôt:	02 févr. 2024 15:04
Dernière modification:	02 févr. 2024 15:04
Adresse URL :	http://archipel.uqam.ca/id/eprint/17359

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