Soltanieh, Sahar
(2014).
« Functional analyses of the yeast DEAD-box RNA helicase Dbp4 and its human homologue DDX10 in ribosome biogenesis » Thèse.
Montréal (Québec, Canada), Université du Québec à Montréal, Doctorat en biologie.
Fichier(s) associé(s) à ce document :
Résumé
La protéine nucléolaire Dbp4 est une ARN hélicase de la famille « DEAD-box ». Dbp4 est phylogénétiquement conservée et elle est essentielle à la survie de la levure Saccharomyces cerevisiae, ce qui souligne son importance fonctionnelle dans la vie cellulaire. Il existe un lien génétique entre Dbp4 et U14, un petit ARN nucléolaire (snoRNA) essentiel à la production d'ARN ribosomique (ARNr) 18S. De plus, il a été démontré que Dbp4 est nécessaire pour les clivages aux sites A0, A1 et A2 qui mènent à la production de l'ARNr 18S. Nous avons trouvé que Dbp4 n'est pas associée à U14 mais plutôt au snoRNA U3, ainsi qu'à la protéine Mpp10 une protéine « spécifique à U3 » et composante essentielle du SSU processome. Ce complexe d'environ 80S représente la forme fonctionnelle de U3. Nos analyses par microscopie électronique ont démontré que la dépletion de Dbp4 empêche la formation du SSU processome et le clivage co-transcriptionel du pré-ARNr. Suite à des analyses bioinformatiques nous avons identifié un motif « coiled-coil » putatif dans la partie C-terminale de Dbp4, une région qui est essentielle au fonctionnement de l'enzyme. Les « coiled-coil » sont des motifs d'interaction protéine-protéine, ce qui suggère que Dbp4 interagit avec d'autres protéines. Nous avons trouvé que Dbp4 participe à la maturation des pré-ARNr en formant un complexe avec les protéines Bfr2 et Enp2. Dbp4, Bfr2 et Enp2 s'associent avec le snoRNA U3 et Mpp10. Ces protéines sont également impliquées dans les premiers clivages qui mènent à la maturation de l'ARN 18S. Ces résultats suggèrent que Dbp4, Bfr2 et Enp2 seront possiblement des composant de SSU processome. Les analyses de sédimentation dans des gradients de saccharose ont révélé que Dbp4, Bfr2 et Enp2 co-sédimentent dans un complexe de 50S. Les expériences d'immunoprécipitation ont démontré que Dbp4 s'associe au snoRNA U14 dans le complexe de 50S. Bfr2, Enp2 et Dbp4, sont également détectées dans un complexe de 80S avec le snoRNA U3. Il y a donc une réorganisation dynamique de ces complexes pendant la biogenèse des ribosomes. DDX10 est une ARN hélicase très conservée dans l'évolution. Son homologie avec l'hélicase Dbp4 et sa localisation nucléolaire suggéraient déjà une éventuelle implication de DDX10 dans la biogenèse des ribosomes. Nous avons testé une variété de siRNA ciblant DDX10 afin d'évaluer l'effet de la perte de DDX10 sur la maturation des ARNr ainsi que sur la prolifération et la croissance cellulaire. DDX10 et Che-1/AATF (Apoptosis Antagonizing Transcription Factor) localisent au nucléole. Une perte de DDX10 et de Che-1 entraine une diminution de la synthèse de l'ARNr 18S. Des expériences d'immunoprécipitation ont mis en évidence l'association de DDX10 avec le snoRNA U3, Che-1 et la protéine spécifique à U3 DRIM/UTP20. Les résultats en cytométrie de flux soulignent un arrêt de la croissance cellulaire en phase G1 en absence de DDX10. Les analyses par microscopie à immunoflueresence ont démontré une diminution du niveau d'expression du marqueur de prolifération Ki-67 en présence de siRNA ciblant DDX10. Finalement, toutes ces données démontrent que DDX10 serait nécessaire à la prolifération et la croissance cellulaire et qu'elle joue un rôle dans la maturation de l'ARNr 18S.
_____________________________________________________________________________
MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : ARN hélicase, biogenèse des ribosomes, SSU processome, petit ARN nucléolaire.
| Type: |
Thèse ou essai doctoral accepté
|
| Informations complémentaires: |
La thèse a été numérisée telle que transmise par l'auteur. |
|
Directeur de thèse: |
Dragon, François |
| Mots-clés ou Sujets: |
Ribosomes / ARN hélicases à boîte DEAD / Petit ARN nucléolaire / SSU processone / ARN ribosomique. |
| Unité d'appartenance: |
Faculté des sciences > Département des sciences biologiques |
| Déposé par: |
Service des bibliothèques
|
| Date de dépôt: |
16 mars 2022 12:49 |
| Dernière modification: |
16 mars 2022 12:49 |
| Adresse URL : |
http://archipel.uqam.ca/id/eprint/15276 |
RECHERCHER
PARCOURIR
LIBRE ACCÈS
